中原大學生物醫學工程系（所）之宗旨在於培育具有專業能力與全人素養、敬業樂群、人格健全及謹守專業與資訊倫理之工程人才，並致力於學術研究，以服務企業界，並對環境永續、社會共好及全球發展有所影響。
生物醫學工程學系融合生物醫學與工程科技於一爐，開啟現代學術整合研究的趨勢，協助醫療品質之提昇增進國民之福祉。
1.培養兼具工程技術與醫學知識的醫學工程師，具有專業素養與能力，工程與管理兼備及專精於整合系統之醫學工程人才。
2.從事融合理論與應用，促進科技發展之醫學工程術研究，並與實際應用相結合，以促進醫學工程之廣泛應用。
3.提供及拓展學術資源與研究成果服務社會。
生物醫學工程學系教育目標：
1.培養兼具工程技術與生物醫學知識的人才。
2.培養跨領域團隊合作能力之生物醫學工程人才。
3.培養兼具人文素養及國際視野的生物醫學工程師。
生物醫學工程學系學生應具備的學習成果：(本系認定之核心能力)
1.1 具備足夠之數學、物理、化學、生物及資訊等生物醫學工程相關的知識。
1.2 具備實驗之設計、實作及數據分析的能力。
1.3 具備專題規劃、執行及分析的能力。
2.1 具備口頭、書面報告及團隊溝通能力。
2.2 具備跨領域團隊合作的能力。
2.3 理解專業倫理及社會責任。
3.1 具備欣賞文化、藝術的人文素養。
3.2 具備基本的外語能力並有寬廣的國際視野。
3.3 了解終身學習的重要性。
IEET-教育目標(研究所)
1.教育具有工程技術與生物醫學知識的人才。
2.培養具有跨領域研究計畫擬定、執行及整合成果能力的人才。
3.培養具有溝通協調及獨立研究能力的人才。
4.培養具有專業倫理及國際研究視野的高階人才。