中原大學醫學工程系（所）之宗旨在於培育具有專業能力與素養、敬業樂群、人格健全及謹守專業倫理之工程人才，並致力於學術研究，以服務企業界，貢獻社會及國家。生物醫學工程學系融合生物醫學與工程科技於一爐，開啟現代學術整合研究的趨勢，協助醫療品質之提昇增進國民之福祉。

• 培養兼具工程技術與醫學知識的醫學工程師，具有專業素養與能力，工程與管理兼備及專精於整合系統之醫學工程人才。

• 從事融合理論與應用，促進科技發展之醫學工程術研究，並與實際應用相結合以促進醫學工程之廣泛應用。

• 提供及拓展學術資源與研究成果服務社會。